Im historischen Glockenstuhl des Südturmes hängen seit 2013 erstmals vier Glocken. Die kleinste ist die frühere Bonner Brandglocke aus dem Jahr 1535 mit einem Gewicht von 155kg. Sie ist damit die älteste Glocke der Stadt Bonn und hat den Ton a2. Die anderen Glocken wurden 2011 in der Glockengießerei Perner (Passau) gegossen. Sie sind der Heiligen Dreifaltigkeit gewidmet: die Schöpferglocke (Gewicht: 1.235kg – Durchmesser: 1,19m), die Christusglocke (876kg – 1,08m), die Heilig-Geist-Glocke (682kg – 0,98m). Die Glocken sind auf die Innenstadtgeläute abgestimmt und haben die Töne f1, g1 und a1. Am 29.2.2012 erklangen sie zum ersten Mal.